AI Croatia Health › Forums › Forum za AI4Health.Cro 2025 izazov › PDF fileovi
- This topic has 16 replies, 5 voices, and was last updated 1 year ago by
TehničkaPodrška.
-
AuthorPosts
-
-
20. March 2025. at 18:13 #4588
Tim_12_OncoVision
ParticipantPozdrav,
budući da pdf filove moramo izraditi u SPE, možete li nam reći kako budući da sami nismo pronašli prikladan način? Kada pokušamo export pdf file iz VS coda dobijemo sl. grešku: https://i.postimg.cc/vmBRZGvk/Screenshot-2025-03-20-at-18-10-54.png.
Srdačno,
Tim 12 -
20. March 2025. at 18:19 #4589
Tim_12_OncoVision
ParticipantAko se ne može nikako srediti, mogu li se u submissionu predavati samo bilježnice koje vi možete eksportati?
-
20. March 2025. at 18:24 #4590
Breast Friends
ParticipantBok,
Probajte možete li u terminalu (ne u VS codeu) aktivirati svoj environment, pokrenuti jupyter server i da li vam onda radi.
Nama nije radio eksport u PDF zbog sistemskih paketa koji su nedostajali, ali Miha ih je instalirao svima pa nam je proradilo iz novog terminala, a VS code nakon toga treba vjerojatno restartirati da bi proradilo.
Lp,
Dorotea-
This reply was modified 1 year ago by
Breast Friends.
-
This reply was modified 1 year ago by
Breast Friends.
-
This reply was modified 1 year ago by
-
20. March 2025. at 18:44 #4593
Tim_12_OncoVision
ParticipantPozdrav,
hvala vam na odgovoru, mi smo pokušali, ali nama još uvijek ne radi tako da i dalje tražimo rješenje.
-
20. March 2025. at 19:32 #4594
Breast Friends
ParticipantKad sam probala lokalno, taj error mi se javi samo ako sam u environmentu gdje nemam uopće instaliran jupyter paket (ili samo ipykernel koji je nužan za notebook u VS codeu). U VS codeu se otvori notebook datoteka bez da je ipykernel paket instaliran, ali onda traži instalaciju paketa da bi se išta uspjelo izvršiti.
Ako niste sami instalirali jupyter ili ipykernel u environment, onda je u tome problem. Miha je instalirao samo sistemske pakete potrebne za PDF eksport.
-
21. March 2025. at 9:35 #4599
Breast Friends
Participant@Miha, jedno rješenje za timove koji nemaju jupyter/ipykernel pakete je da kopirate neki environment sa servera koji to ima u njihov conda env direktorij.
Npr. naš environment specificiran u environment-path.txt datoteci bi trebao imati sve potrebno za vizualizaciju i notebook pa ga slobodno iskoristite.
-
21. March 2025. at 10:02 #4600
Tim_12_OncoVision
Participant@Miha, ako je moguce mi bismo molili da se problem rijesi na takav ili slican nacin. Nama nedostaje paket nbconvert da bismo pokretali u vscode-u.
https://postimg.cc/qhRLmPF4Ako postoji neki drugi nacin da se ispravi problem i da dobijemo mogucnost na bilo koji nacin spremiti report kao pdf takoder to prihvacamo.
Unaprijed hvala,
Tim 12. -
21. March 2025. at 10:24 #4602
Breast Friends
ParticipantImamo i mi ipak istu grešku.
Dosad je testirano samo sa exportanjem notebooka koji je imao samo python ćeliju. Na taj način radi. Međutim, ako postoji Markdown ćelija, export u pdf javlja grešku.
Molimo nekoga iz Srca da instalira navedeni paket kako bismo mogli izvršiti export u PDF:
https://pandoc.org/installing.html -
21. March 2025. at 11:26 #4603
Tim_12_OncoVision
ParticipantPoštovani,
kako vise timova ima problem sa exportanjem pdfova, postoji li mogucnost da se predaju samo jupiter biljeznice te da ih Vi kasnije exportate u pdf-ove.
Tim 12.
-
24. March 2025. at 12:24 #4621
TehničkaPodrška
KeymasterKoliko kužim print to pdf ne radi oba tima, a da li radi ostalim timovima?
-
24. March 2025. at 12:36 #4622
Breast Friends
ParticipantPozdrav,
nama radi export u pdf sad. Imamo poseban environment za to jupyter-env.
Nalazi se na pathu ~/conda/envs/jupyter-env/bin/python, mi smo na mašini Srce.
Slobodno ga iskopirate i drugima. -
24. March 2025. at 14:08 #4627
Mihovil Stručić
ParticipantTimu Kronos također ne radi export u pdf.
Pokušali smo i kroz VSC i preko naredbe [jupyter nbconvert –to pdf ime_biljeznice.ipynb]. U oba slučaja dobijemo error poruku kako pandoc nije instaliran na sustavu.
Postoje li neke upute ili alternativno rješenje kako doskočiti ovom problemu?
Lp,
Kronos -
24. March 2025. at 17:56 #4642
TehničkaPodrška
KeymasterJoš malo pričekajte da probamo rješiti na oba stroja navedeni problem. Javiti ćemo nešto danas.
-
24. March 2025. at 18:13 #4645
Marija Dragošević
ParticipantPokušavam napravit export u pdf i traži mi instalaciju pandoca, mozete li molim vas to instalirati?
Hvala unaprijed
-
24. March 2025. at 22:07 #4664
Marija Dragošević
ParticipantMožete li i nama team03 molim Vas instalirati pandoc?
Hvala unaprijed
-
24. March 2025. at 22:35 #4665
TehničkaPodrška
KeymasterRadimo na nekom rješenju da vam podijelimo jedan environment conda u kojem bi radilo generiranje .pdf-a. Samo probajte bez latex formula da bude veća vjerojatnost da se može generirati dokument.
-
25. March 2025. at 11:49 #4674
TehničkaPodrška
KeymasterNaredba za generiranje .pdf-a iz .ipynb je: “nbconvert imedatoteke.ipynb”. Za latex ne garantiramo da će raditi, ali slobodno testirajte.
Conda environment s pandocom instaliranim nalazi se na putanji:
a) za teamove od 01 – 07 “/data/conda/env/jupyter-lab”, okruženje možete aktivirati sa: “conda activate /data/conda/env/jupyter-lab”,
b) dok je za timove 08-14 na putanji: “/apps/conda/jupyter-lab”, okruženje možete aktivirati sa “conda activate /apps/conda/jupyter-lab”.
-
-
AuthorPosts
- The forum ‘Forum za AI4Health.Cro 2025 izazov’ is closed to new topics and replies.