PDF fileovi

Viewing 16 reply threads
  • Author
    Posts
    • #4588
      Tim_12_OncoVision
      Participant

      Pozdrav,

      budući da pdf filove moramo izraditi u SPE, možete li nam reći kako budući da sami nismo pronašli prikladan način? Kada pokušamo export pdf file iz VS coda dobijemo sl. grešku: https://i.postimg.cc/vmBRZGvk/Screenshot-2025-03-20-at-18-10-54.png.

      Srdačno,
      Tim 12

    • #4589
      Tim_12_OncoVision
      Participant

      Ako se ne može nikako srediti, mogu li se u submissionu predavati samo bilježnice koje vi možete eksportati?

    • #4590
      Breast Friends
      Participant

      Bok,

      Probajte možete li u terminalu (ne u VS codeu) aktivirati svoj environment, pokrenuti jupyter server i da li vam onda radi.

      Nama nije radio eksport u PDF zbog sistemskih paketa koji su nedostajali, ali Miha ih je instalirao svima pa nam je proradilo iz novog terminala, a VS code nakon toga treba vjerojatno restartirati da bi proradilo.

      Lp,
      Dorotea

    • #4593
      Tim_12_OncoVision
      Participant

      Pozdrav,

      hvala vam na odgovoru, mi smo pokušali, ali nama još uvijek ne radi tako da i dalje tražimo rješenje.

    • #4594
      Breast Friends
      Participant

      Kad sam probala lokalno, taj error mi se javi samo ako sam u environmentu gdje nemam uopće instaliran jupyter paket (ili samo ipykernel koji je nužan za notebook u VS codeu). U VS codeu se otvori notebook datoteka bez da je ipykernel paket instaliran, ali onda traži instalaciju paketa da bi se išta uspjelo izvršiti.

      Ako niste sami instalirali jupyter ili ipykernel u environment, onda je u tome problem. Miha je instalirao samo sistemske pakete potrebne za PDF eksport.

    • #4599
      Breast Friends
      Participant

      @Miha, jedno rješenje za timove koji nemaju jupyter/ipykernel pakete je da kopirate neki environment sa servera koji to ima u njihov conda env direktorij.

      Npr. naš environment specificiran u environment-path.txt datoteci bi trebao imati sve potrebno za vizualizaciju i notebook pa ga slobodno iskoristite.

    • #4600
      Tim_12_OncoVision
      Participant

      @Miha, ako je moguce mi bismo molili da se problem rijesi na takav ili slican nacin. Nama nedostaje paket nbconvert da bismo pokretali u vscode-u.
      https://postimg.cc/qhRLmPF4

      Ako postoji neki drugi nacin da se ispravi problem i da dobijemo mogucnost na bilo koji nacin spremiti report kao pdf takoder to prihvacamo.

      Unaprijed hvala,
      Tim 12.

    • #4602
      Breast Friends
      Participant

      Imamo i mi ipak istu grešku.

      Dosad je testirano samo sa exportanjem notebooka koji je imao samo python ćeliju. Na taj način radi. Međutim, ako postoji Markdown ćelija, export u pdf javlja grešku.

      Molimo nekoga iz Srca da instalira navedeni paket kako bismo mogli izvršiti export u PDF:
      https://pandoc.org/installing.html

    • #4603
      Tim_12_OncoVision
      Participant

      Poštovani,

      kako vise timova ima problem sa exportanjem pdfova, postoji li mogucnost da se predaju samo jupiter biljeznice te da ih Vi kasnije exportate u pdf-ove.

      Tim 12.

    • #4621

      Koliko kužim print to pdf ne radi oba tima, a da li radi ostalim timovima?

    • #4622
      Breast Friends
      Participant

      Pozdrav,

      nama radi export u pdf sad. Imamo poseban environment za to jupyter-env.
      Nalazi se na pathu ~/conda/envs/jupyter-env/bin/python, mi smo na mašini Srce.
      Slobodno ga iskopirate i drugima.

    • #4627
      Mihovil Stručić
      Participant

      Timu Kronos također ne radi export u pdf.
      Pokušali smo i kroz VSC i preko naredbe [jupyter nbconvert –to pdf ime_biljeznice.ipynb]. U oba slučaja dobijemo error poruku kako pandoc nije instaliran na sustavu.
      Postoje li neke upute ili alternativno rješenje kako doskočiti ovom problemu?
      Lp,
      Kronos

    • #4642

      Još malo pričekajte da probamo rješiti na oba stroja navedeni problem. Javiti ćemo nešto danas.

    • #4645
      Marija Dragošević
      Participant

      Pokušavam napravit export u pdf i traži mi instalaciju pandoca, mozete li molim vas to instalirati?

      Hvala unaprijed

    • #4664
      Marija Dragošević
      Participant

      Možete li i nama team03 molim Vas instalirati pandoc?

      Hvala unaprijed

    • #4665

      Radimo na nekom rješenju da vam podijelimo jedan environment conda u kojem bi radilo generiranje .pdf-a. Samo probajte bez latex formula da bude veća vjerojatnost da se može generirati dokument.

    • #4674

      Naredba za generiranje .pdf-a iz .ipynb je: “nbconvert imedatoteke.ipynb”. Za latex ne garantiramo da će raditi, ali slobodno testirajte.
      Conda environment s pandocom instaliranim nalazi se na putanji:
      a) za teamove od 01 – 07 “/data/conda/env/jupyter-lab”, okruženje možete aktivirati sa: “conda activate /data/conda/env/jupyter-lab”,
      b) dok je za timove 08-14 na putanji: “/apps/conda/jupyter-lab”, okruženje možete aktivirati sa “conda activate /apps/conda/jupyter-lab”.

Viewing 16 reply threads
  • The forum ‘Forum za AI4Health.Cro 2025 izazov’ is closed to new topics and replies.